Quy trình xử lý bài viết gửi đăng Tạp chí Nghiên cứu Lịch sử gồm các bước sau đây và thực hiện qua thư điện tử của Tạp chí:
1. Quy trình tiếp nhận, sơ duyệt bài báo
Quy trình tiếp nhận, sơ duyệt thực hiện các thủ tục kiểm tra về tính hợp lệ của bản thảo trên tất cả các khía cạnh mà Tạp chí đã quy định. Các bài viết sẽ được sơ loại đánh giá bởi Ban biên tập.
Bước 1: Biên tập viên tiếp nhận bản thảo bài báo thông qua website gửi bài (hoặc qua email) của tạp chí, thực hiện thường xuyên trong các ngày làm việc.
Bước 2: Biên tập viên tiến hành rà soát các yêu cầu về bố cục, nội dung và hình thức của bài báo, phản hồi đến tác giả kết quả sơ duyệt.
Kết quả sơ loại có thể:
Bài viết đáp ứng được các quy chuẩn, Tạp chí sẽ gửi thông báo cho tác giả bài viết được đưa vào quy trình phản biện và được mã hóa theo ký hiệu của Tạp chí.
Bài viết chưa đáp ứng được các quy chuẩn, có 2 trường hợp: 1/ Bài báo cần được chỉnh sửa và xem xét lại, Tạp chí sẽ gửi thông báo đến tác giả yêu cầu chỉnh sửa thêm (Lý do: phạm vi nghiên cứu thuộc lĩnh vực khác, nội dung chưa đúng với tôn chỉ, mục đích, phạm vi hoạt động của tạp chí,...); 2/ Tạp chí sẽ gửi thông báo không được chấp nhận đưa vào quy trình phản biện.
Quy trình sơ duyệt bài báo kéo dài từ 1-3 tuần.
2. Quy trình phản biện
Tạp chí Nghiên cứu Lịch sử, ISSN 0866-7497 áp dụng quy trình phản biện kín (double blinded review). Các bản thảo sau khi được nhận vào quy trình phản biện của tạp chí sẽ được mã hóa, do đó người phản biện bài viết không biết được thông tin của tác giả và ngược lại.
2.1. Phản biện
Bước 1: Sau khi bài viết được mã hóa, Ban biên tập đề xuất 2-3 phản biện thuộc lĩnh vực chuyên môn gần với bài viết, trình Tổng biên tập duyệt.
Bước 2: Bài báo được gửi đến các phản biện kèm theo mẫu phiếu đánh giá bài viết. Các tiêu chí đánh giá bài viết bao gồm:
+ Đánh giá về hình thức, cấu trúc, ngôn ngữ trình bày, quy định trích dẫn của bài viết.
+ Đánh giá về mức độ phù hợp của cơ sở lý thuyết được sử dụng trong bài viết, nghiên cứu.
+ Đánh giá về phương pháp nghiên cứu.
+ Đánh giá về mức độ tin cậy của dữ liệu, tài liệu nghiên cứu.
+ Đánh giá về ý nghĩa khoa học và thực tiễn của bài viết.
Kết luận của giai đoạn phản biện có thể:
+ Bài báo có chất lượng tốt, đăng, không cần sửa.
+ Bài báo cần chỉnh sửa nhỏ, không cần gửi lại phản biện sau khi tác giả chỉnh sửa.
+ Bài báo cần chỉnh sửa lớn, cần gửi lại phản biện sau khi tác giả chỉnh sửa.
+ Bài báo không đảm bảo chất lượng, không đăng.
Với các bài viết cần chỉnh sửa, các tác giả sẽ nhận được ý kiến đánh giá của phản biện và kết luận của Tổng biên tập, nhanh chóng điều chỉnh để gửi lại Tạp chí để có quyết định cuối cùng chấp nhận xuất bản hay tiếp tục điều chỉnh/hoặc từ chối không đăng. 
Thời gian phản biện đọc và gửi lại nhận xét: tối đa 60 ngày, tính từ ngày Tạp chí gửi bài cho các phản biện.
Thời gian tác giả chỉnh sửa và gửi lại bài báo: tối đa 30 ngày, tính từ ngày Tạp chí gửi bài cho các phản biện. 
2.2. Duyệt đăng
Ban biên tập tạp chí đề xuất ý kiến để Tổng biên tập cho ý kiến duyệt đăng/không duyệt đăng trong các trường hợp sau:
Bài báo được các phản biện đánh giá ở cấp độ “chấp nhận đăng mà không cần chỉnh sửa”: Nếu Tổng biên tập duyệt đăng, bộ phận biên tập trình bày bài viết theo định dạng tạp chí, gửi lại tác giả bản pdf để tác giả xem xét chấp nhận trước khi đăng chính thức.
Bài báo được các phản biện đánh giá ở cấp độ “chấp nhận đăng và cần có điều chỉnh nhỏ”: các tác giả điều chỉnh, gửi lại Tạp chí kèm theo ý kiến về việc điều chỉnh, Tổng biên tập xem xét để có thể chấp nhận đăng/hoặc tiếp tục điều chỉnh (nếu có).
Bài báo được các phản biện đánh giá ở cấp độ “chấp nhận đăng và cần điều chỉnh lớn, gửi lại phản biện sau khi tác giả chỉnh sửa”: các tác giả điều chỉnh, gửi lại Tạp chí kèm theo nội dung giải thích, Tạp chí gửi lại các phản biện để tiếp tục lấy ý kiến góp ý và có kết luận theo hình thức (1) hoặc (2) trên đây.
Bài báo được một trong những phản biện đánh giá ở cấp độ “từ chối không đăng”: Nếu Tổng biên tập duyệt không đăng, Tạp chí sẽ gửi cho tác giả thông báo từ chối bài viết; nếu Tổng biên tập yêu cầu xem xét và đề nghị gửi thêm phản biện lần nữa để xác minh, Tạp chí sẽ chuyển bài báo quay lại giai đoạn đầu phản biện để tiếp tục xử lý. Nếu phản biện ba đồng ý đăng bài viết, Tổng biên tập sẽ xem xét quyết định đăng bài viết sau khi chỉnh sửa và gửi lại Ban biên tập. Nếu phản biện thứ ba từ chối bài viết, Tổng biên tập sẽ xem xét quyết định từ chối bài viết.
Danh sách bài viết được duyệt đăng sẽ thông báo trên website của Tạp chí.

Sau khi in, phát hành, Tạp chí thông tin đến tác giả qua thư điện tử; đồng thời công bố trên website của Tạp chí.